소프트웨어 프로그램을 통해 차원 축소를 통해 조직 이미지를 동시에 볼 수 있습니다.

소프트웨어 프로그램을 통해 차원 축소를 통해 조직 이미지를 동시에 볼 수 있습니다.
Mistic 오픈 소스 소프트웨어로 다중화 이미지 t-SNE 보기 가능
날짜:
2022년 7월 21일
원천:
H. Lee Moffitt 암센터 및 연구소
요약:
조직 표본의 영상화는 암에 대한 이해를 높이고 새로운 치료법의 개발을 돕기 위해 기초 실험실 과학과 임상 과학 사이의 격차를 해소하는 중개 연구의 중요한 측면입니다. 이미지를 최대한으로 분석하기 위해 과학자들은 여러 이미지를 동시에 볼 수 있는 애플리케이션이 이상적으로 필요합니다.

조직 표본의 영상화는 암에 대한 이해를 높이고 새로운 치료법의 개발을 돕기 위해 기초 실험실 과학과 임상 과학 사이의 격차를 해소하는 중개 연구의 중요한 측면입니다. 이미지를 최대한으로 분석하기 위해 과학자들은 여러 이미지를 동시에 볼 수 있는 애플리케이션이 이상적으로 필요합니다. Patterns 저널에 실린 기사에서 Moffitt Cancer Center 연구원들은 사용자가 여러 다중화 이미지를 동시에 볼 수 있도록 하는 새로운 오픈 소스 소프트웨어 프로그램에 대해 설명합니다.

조직 샘플을 연구하는 새로운 기술을 포함하여 지난 10년 동안 암 연구에 대한 접근 방식이 크게 개선되었습니다. 예를 들어, 기계는 이제 수백 개의 슬라이드를 동시에 염색하도록 프로그래밍하거나 최대 1,000개의 서로 다른 조직 샘플 코어를 단일 슬라이드에 배치하고 동시에 바이오마커에 대해 염색할 수 있습니다. 이러한 접근 방식의 출현으로 새로운 데이터와 정보를 생성할 수 있는 풍부한 가능성이 제공됩니다. 이 정보의 규모와 암 자체의 복잡한 특성으로 인해 암 바이오마커, 조직 구조 및 이러한 샘플 간의 세포 상호 작용을 보고 연구하려면 컴퓨터 모델링 및 소프트웨어가 필요합니다.

Moffitt의 IMO(통합 수학 종양학 부서)의 연구원이 프로젝트에 참여하면서 현재 사용 가능한 이미지 보기 소프트웨어가 필요에 맞지 않는다는 것을 깨달았습니다.

Sandhya Prabhakaran은 "우리는 종양과 면역 세포 사이의 기본 공간 패턴과 종양이 어떻게 구성되어 있는지 이해하는 데 관심이 있었습니다. 이를 위해 여러 이미지를 동시에 비교해야 했으며 이를 가능하게 하는 무료 또는 상업적 소프트웨어가 없다는 것을 깨달았습니다."라고 말했습니다. Moffitt의 수석 저자이자 응용 연구 과학자인 Ph.D.

IMO 팀은 여러 이미지를 동시에 보고 추가 분석을 통해 데이터를 추출할 수 있는 소프트웨어 프로그램을 만들기로 결정했습니다. 세포 유형. Mistic이라는 프로그램은 다차원 이미지에서 정보를 가져오고 t-SNE(t-distributed stochastic Neighbor Embedding)라는 차원 축소 방법을 사용하여 각 이미지를 축소된 공간의 한 지점으로 추상화합니다. Mistic은 Vectra, CyCIF, t-CyCIF 및 CODEX의 이미지와 함께 사용할 수 있는 오픈 소스 소프트웨어입니다.

그들의 간행물에서 연구원들은 Mistic의 생성과 사용할 수 있는 일부 응용 프로그램에 대해 설명합니다. 예를 들어, 그들은 이 소프트웨어를 사용하여 비소세포폐암 환자의 92개 이미지를 보고 치료에 대한 반응이 다른 환자 간에 바이오마커가 클러스터링되는 방식을 추론할 수 있음을 시연했습니다. 또 다른 예에서, 연구자들은 통계적 분석과 결합된 Mistic을 사용하여 210개의 자궁내막암 샘플에서 면역 세포 마커의 공간적 colocalization 및 coexpression을 평가했습니다.

팀은 Mistic의 잠재적 응용 프로그램에 대해 흥분하고 있으며 소프트웨어를 개선할 계획을 가지고 있습니다.

"우리는 다중화된 이미지에서 생물학적으로 의미 있는 관심 영역을 사용하여 전체 이미지 t-SNE를 렌더링하도록 Mistic을 향상시킬 것입니다. 또한 다른 시각화 소프트웨어로 Mistic을 보강하고 채택, 사용성을 개선하기 위해 크로스 플랫폼 뷰어 플러그인을 구축할 계획이 있습니다. Moffitt의 IMO 부서의 저자이자 의장인 Sandy Anderson 박사는 생의학 연구 커뮤니티에서 Mistic의 기능과 기능을 설명합니다.

Mistic 외에도 Patterns는 "다중화된 이미지 분석 및 보기를 위한 도구 개발"이라는 제목의 People of Data 기사에서 IMO 팀을 소개했습니다. 여기에서 IMO 팀은 자신을 소개하고 수학적 종양학의 이미징과 관련된 연구 열정과 도전 과제 및 기회에 대해 논의합니다.