SeqScreen은 '관련' DNA를 밝힐 수 있습니다.

SeqScreen은 '관련' DNA를 밝힐 수 있습니다.
오픈 소스 프로그램 ID 합성, 자연 발생 유전자 서열
날짜:
2022년 6월 21일
원천:
라이스 대학교
요약:
컴퓨터 과학자들은 합성이든 천연이든 간에 짧은 DNA 서열을 스크리닝하여 독성을 결정하는 프로그램을 개발했습니다.

특정 박테리아와 바이러스가 질병과 질병을 유발할 수 있다는 점은 당연하지만 실제 범인은 이러한 미생물의 게놈 내에 있는 우려의 연속입니다.

그들을 부르는 것이 더 쉬워질 것입니다.

Rice University의 컴퓨터 과학자와 동료들은 수년 간의 작업을 통해 자연 발생이든 합성이든 상관없이 공중 보건에 영향을 미치기 전에 DNA 스크리닝 및 병원성 서열 특성화를 위한 개선된 플랫폼을 개발했습니다.

Rice의 George R. Brown School of Engineering의 컴퓨터 과학자 Todd Treangen과 Signature Science LLC의 게놈 전문가인 Krista Ternus는 종종 올리고뉴클레오티드라고 하는 짧은 DNA 서열을 정확하게 특성화하는 프로그램인 SeqScreen을 제작한 연구를 주도했습니다.

Treangen은 SeqScreen이 광범위한 병원성 서열의 탐지 및 추적을 개선하기 위한 것이라고 말했습니다.

"SeqScreen은 합성 DNA 스크리닝에 사용할 수 있는 최초의 오픈 소스 소프트웨어 툴킷입니다."라고 Treangen은 말했습니다. "우리 프로그램은 기업, 개인 및 정부 기관의 DNA 스크리닝 관행을 위해 이전의 최첨단 기술을 개선합니다."

2017년 미국 국가정보국(National Intelligence Agency)의 IARPA 프로그램이 자금을 지원한 고위험, 고수익 연구로 시작된 이 연구는 게놈 생물학 저널에 실렸습니다 .

SeqScreen은 텍사스 오스틴에 소재한 회사인 Signature Science의 파트너 작업을 활용하여 32가지 유형의 독성 기능을 나타내는 수천 개의 유전자 서열 데이터베이스를 관리합니다. Treangen은 "이 큐레이트된 데이터베이스는 개발하는 데 수년 간의 바이오 큐레이션 및 검토가 필요했으며 SeqScreen의 머신 러닝 알고리즘 교육 데이터의 핵심입니다."라고 말했습니다.

이 회사는 작년에 Treangen과 협력하여 omicronvariant가 백신 접종을 포함하여 항체에 더 내성을 갖도록 만들 수 있는 SARS-CoV-2 돌연변이를 찾았습니다. "SeqScreen이 먼저 나왔고 그 아이디어 중 일부는 COVID 프로젝트로 이어졌습니다."라고 그는 말했습니다. "하지만 SeqScreen은 범위가 훨씬 더 넓습니다.

"우리는 FunSoC라고 부르는 관심 시퀀스의 기능을 식별하는 데 중점을 둡니다. 반면 이전의 스크리닝 접근 방식은 '당신이 이 박테리아입니까?' 또는 '당신이 이 바이러스입니까?'"라고 Treangen이 말했습니다. "SeqScreen은 샘플에 있는 박테리아나 바이러스의 이름에 초점을 맞추지 않습니다. 오히려 샘플에 인간 세포를 파괴할 수 있는 독소와 같이 해로울 수 있는 서열이 있는지 알고 싶습니다."

박테리아는 수평적 유전자 전달을 통해 쉽게 DNA를 교환하기 때문에 우려되는 기능에 초점을 맞추는 것이 중요하다고 그는 말했습니다.

Treangen은 "우리는 하나가 독소와 같은 일련의 우려 사항을 갖고 있고 다른 하나는 그렇지 않다는 점을 제외하고는 게놈이 본질적으로 동일한 박테리아의 출판물에서 예를 강조했습니다."라고 말했습니다. "SeqScreen은 독성 요인을 나타내는 기능의 존재 여부에 대해 실제로 연마합니다."

그는 SeqScreen이 환경에서 새로 발생하거나 새로 출현하는 병원체를 감지하는 데에도 도움이 될 것이라고 말했습니다.